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    臺灣產鱗毛蕨屬稀羽亞屬(鱗毛蕨科)植物分類研究
    (2009) 劉威廷; Wei-Ting Liou
    鱗毛蕨屬植物(Dryopteris)由於形態上的相近常造成分類之困難，歷來學者對臺灣產本屬植物之分類處理頗為分歧。其中，稀羽亞屬(Nephrocystis)內之各類群形態更是相近，且個體變異範圍頗大，時常造成分類上的問題及困難。本研究針對臺灣產本亞屬植物之葉、鱗片等外部形態特徵進行觀察，並與模式標本或相關文獻進行詳細比對，另檢視孢子囊內所含孢子數及其形態，再結合生態與地理分布資訊對臺灣產鱗毛蕨屬稀羽亞屬植物進行分類研究；此外，另利用trnL UAA (5’-Exon) -trnF、rps4-trnS等二葉綠體DNA片段之序列資料建構親緣關係樹，與形態分類一同比較，以探討臺灣產本亞屬植物之分類問題及其起源之可能性。 根據形態特徵將臺灣產本亞屬植物處理為5個物種，分別為D. cacaina、D. melanocarpa、D. sparsa、D. subexaltata及D. yoroii。其中，根據形態及分子證據認為過去分類位置不清之D. yoroii應納入本亞屬，並將以往被併入D. sparsa的D. cacaina及D. melanocarpa再度列為獨立之物種。根據分子資料建構的親緣關係樹，顯示D. melanocarpa、D. subexaltata被歸於D. sparsa的分支之中，但各自形成支持度甚高之獨立分支；而D. sparsa於臺灣的變異甚多，且分支間之遺傳距離高，分子親緣關係顯示D. melanocarpa及D. subexaltata可能是來自廣泛分布的D. sparsa之祖先。
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    台灣產馬兜鈴屬植物之分類研究
    (2008) 楊珺嵐; Chun-Lan Yang
    本研究利用外部形態、花粉形態、地理分佈等資料對台灣產馬兜鈴屬(Aristolochia)進行分類研究，研究結果顯示果實形態、花序、染色體數及花粉形態在亞屬之間具有差異，花萼筒、種子及葉片形態與葉表面被毛則是作為種間區分的重要特徵。此外，各類群之間具有地理區隔，可作為分類的參考。 本研究結果將台灣產馬兜鈴屬植物處理為七個類群，包括一個新紀錄種琉球馬兜鈴(A. liukiuensis) 和二個新種A. palmata及A. pahsienshanensis；認為A. heterophylla和A. kaempferi屬錯誤鑑定，將其處理為A. shimadai。
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    台灣產銀腹蛛屬(蜘蛛目：長腳蛛科)蜘蛛之系統分類研究
    (2009) 劉錫軒; Hsi-Hsuan Liu
    本論文共報告台灣產銀腹蛛屬蜘蛛9種，其中新種有台灣銀腹蛛(Leucauge taiwanensis sp. nov. )；新紀錄種有4種：西里伯銀腹蛛(L. celebesiana)、十字銀腹蛛(L. crucinota)、小肩斑銀腹蛛(L. subblanda)、武陵銀腹蛛(L. wulingensis)。文中將大銀腹蛛(L. magnifica)處理為西里伯銀腹蛛的同物異名；擬方格銀腹蛛(L. subtessellata)處理為方格銀腹蛛(L. tessellata)的同物異名。脈斑銀腹蛛(L. venusta)，處理為排除種。並以19種銀腹蛛亞科類群為內群，長腳蛛屬為外群，以45個形態特徵進行銀腹蛛屬的支序分析，台灣產銀腹蛛屬可分為兩個亞群，其中十字銀腹蛛與雪銀腹蛛(L. argentina)成為一單系群，可能屬於未知的新屬，而隨蛛屬(Opadometa)蜘蛛與其餘的台灣產銀腹蛛屬蜘蛛被歸入另一個亞群，其姊妹群為天星蛛屬(Mesida)。結果顯示現有的台灣產銀腹蛛屬為一複系群。本研究結果將可增進台灣銀腹蛛屬蜘蛛資源和物種多樣性之知識基礎。
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    台灣產袋蛛科(蛛形綱：蜘蛛目)之分類研究
    (2005) 黃文俊
    本論文對台灣產袋蛛科蜘蛛行分類研究，主要至全省各地採集活體標本，並檢視師大生命科學系收藏之標本，以形態學方法於解剖顯微鏡（Leica Wild M3Z）下觀察雌、雄蜘蛛之生殖構造，並根據台灣的標本進行繪圖與測量。雌蛛外雌器以細剪剪下，並以10%KOH溶液加熱處理，以觀察內部的生殖構造。 研究結果將台灣產袋蛛科處理為3屬29種，新增１屬15種。其中馬蒂蛛屬（Matidia）為新紀錄屬；褶袋蛛（Clubiona corrugata Bsenberg et Strand, 1906）、千島袋蛛（C. kurilensis Bsenberg et Strand, 1906）、齒袋蛛（C. moralis Song et Zhu, 1991）、草綠袋蛛（C. viridula Ono, 1989）、長腿紅螯蛛（Cheiracanthium eutittha Bsenberg et Strand, 1906 ）與摩紅螯蛛（C. mordax L. Koch, 1866）等六種為新紀錄種；短棘袋蛛（Clubiona brevispina sp.nov.）、扇棘袋蛛（C. expansa sp. nov.）、腿距袋蛛（C. femorocalcarata sp. nov.）、鏟形馬蒂蛛（Matidia spatulata sp. nov.）、安通紅螯蛛（Cheiracanthium antungensis sp. nov.）、鐮形紅螯蛛（C. falcatum sp. nov.）、絲距紅螯蛛（C. filiapophysis sp. nov.）、台灣紅螯蛛（C. taiwanicum sp. nov.）與旋距紅螯蛛（C. torsivum sp. nov.）等九種為新種。台灣袋蛛（Clubiona taiwanica Ono, 1994）、高山袋蛛（C. bonicula Ono, 1994）與關山袋蛛（C. kuanshanensis Ono, 1994）處理為同種，以台灣袋蛛（C. taiwanica Ono, 1994）為有效名。另外，將日本袋蛛（Clubiona japonica L. Koch, 1878）與活潑紅螯蛛（Cheiracanthium lascivum Karsch, 1879）處理為疑問種。 本研究結果，除可增進對台灣袋蛛科蜘蛛資源和物種多樣性的瞭解外，並可作為將來袋蛛科之生活史、行為與系統演化等領域研究之基礎。
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    以形態及分子證據探討玉山蠅子草種複合群的分類問題
    (2006) 林雅芳; Ya-fang Lin
    玉山蠅子草種複合群 (Silene morrisonmontana species complex) 包含玉山蠅子草 (Silene morrisonmontana)、禿玉山蠅子草 (S. morrisonmontana var. glabella) 及蓬萊蠅子草 (S. nubigena) 等三個類群，皆為臺灣特有，分布於三千公尺左右的高山地區。本研究以形質分析及分子標記對此一種複合群進行深入研究，形質分析採用12個形態特徵及2個形態比例，對123標本進行形態量化，藉由多變量分析結果推論雪山圈谷之疑問種應歸入蓬萊蠅子草。此種複合群內以植株的被毛程度、萼筒長及雌雄蕊柄長為主要的區分特徵。而分子資料則顯示此種複合群其nrDNA的ITS序列完全一致，兩葉綠體基因片段 (psbA-trnH、rps16) 累積的變異僅10個位點，各類群間基因分化的程度遠少於形態資料所預期，此種複合群應屬形態變異較為快速的物種。因在不同的類群間發現相同的基因型，推論此種複合群應為近年才開始產生基因型分化的物種。