學位論文
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Item 異域種化與過去種間基因交流形塑臺灣攀蜥的演化歷史(2024) 林宗翰; Lin, Tzong-Han自達爾文時期以來，物種形成一直是生態演化學者熱衷探索的議題。地理阻隔造成的異域種化是早期被用來解釋分化機制的假說之一，而有限的播遷能力亦被認為會限制物種的活動距離，並強化遺傳上的分化。然而，最近的研究結果表明這僅涉及種化過程的一部分，而雜交物種起源或二次接觸的基因滲入也同樣影響物種分化的過程。在本研究中，我的目標是檢測臺灣產龍蜥屬(Diploderma)的種化過程中是否受到地理阻隔與基因交流事件的影響。這個類群包括五個播遷能力不佳且具有高度形態多樣性的物種，其中多個物種被視為具有潛在的雜交事件或隱蔽種。我們首先透過親緣分析顯示了種內與種間的高度分化，並發現分化情形和族群分布有關，顯示地理距離和地形的潛在影響。使用粒線體和核基因序列進行的物種界定分析則顯示了不一致的結果。為了更進一步了解龍蜥的遺傳結構，我們使用雙重酶切DNA 定序技術(ddRAD)進行了多個族群結構分析，一致地得到了七個分群。我們發現在部份共域物種存在過去的遺傳滲入事件，包括短肢龍蜥(D. brevipes)的北部族群和多稜龍蜥(D. polygonatum)的西部族群，以及短肢龍蜥的中部到南部族群和牧氏龍蜥(D. makii)。我們也檢測了雜交地區族群的形態和生態棲位，發現共有的形態特徵和介於之間的生態棲位。藉由多物種溯祖與遺傳滲入模型(MSCi)估算了這些遺傳滲入事件的時間和方向，發現同時具有分化前和分化後基因流事件的模型具有最高的機率。總結來說，我們發現這些高度分化的物種有三次主要的古老基因流事件。這些事件發生在物種分化的初期，並造成形態和氣候棲位上的混雜，而直到生殖隔離的強化，才中斷了種間雜交事件。這項研究的發現提供了散佈能力有限的物種仍具有種化期間基因交流的例子，也有助於我們了解這些特有物種的種化歷史，並提供未來研究的方向和保育相關的資訊。Item 白花蝴蝶蘭複合群之親緣地理與物種界定(2024) 黃郁芯; Huang, Yu-Hsin白花蝴蝶蘭複合群 (Phalaenopsis amabilis complex) 包含白花蝴蝶蘭 (P. aphrodite)、南洋白花蝴蝶蘭 (P. amabilis)、桑德蝴蝶蘭 (P. sanderiana) 及數個亞種。目前此複合群的分類觀點僅基於有限的形態特徵、地理分布及少量的分子標記，可能導致其物種界定和演化推論疑義。本研究在其分布範圍內採樣171個樣本，透過雙限制酶切位點標定法 (ddRADseq) 並結合形態學數據重建該複合群的親緣關係。本研究旨在闡明其物種界定並釐清演化歷史。綜合基因組資料和形態分析結果，P. amabilis中包含三個遺傳分群，分化過程中伴隨有限的基因交流，但形態上無法區分，顯示此類群尚處於分化早期。P. aphrodite中沒有明顯的遺傳分群，且P. aphrodite和P. sanderiana在遺傳和形態上皆無法區分別，分化過程中保持持續的基因交流。白花蝴蝶蘭複合群的演化歷史受到多次的播遷和隔離事件影響，其中，過去的氣候震盪導致的植被變化可能為P. amabilis遺傳分化的原因。基於綜合分類學，本研究結果不支持目前對於白花蝴蝶蘭複合群的分類觀點，建議將P. aphrodite和 P. sanderiana視為同一物種，且不再針對P. amabilis和P. aphrodite做進一步的種下位階劃分。Item Item 利用限制酶位點標定之次世代定序技術界定東亞島嶼滑蜥屬物種分化與種化歷史(2017) 呂嘉偉; Lu, Chia-Wei了解物種分化的歷史為現今演化生物學的重要議題，為了探討此議題，分類界線模糊或分化年代相對近的複合群便成為一個合適的研究對象。然而此類研究被認為需要大量基因資料，而使用傳統的定序方法可能無法有效率地取得足夠數量的基因座。近年，次世代定序技術可在短期之內取得大量的基因座與單核苷酸多型性，使我們能更深入地進行更縝密的運算，並執行理論的檢測。滑蜥屬 (Scincella) 是一群外觀極為相似的小型石龍子，物種的界定一直都處於爭議的狀態。例如分布於東亞的寧波滑蜥複合群 (S. modesta complex)，成員包含分布於日本的先島滑蜥 (S. boettgeri)、台灣的台灣滑蜥 (S. formosensis) 與中國的寧波滑蜥 (S. modesta)；另外尚有數個其他的隱蔽種 (Scincella spp.) 分布於台灣與中國，加深了滑蜥屬物種界定的必要性。我們採用限制酶位點標定定序 (RADseq) 之中的multiplexed shotgun genotyping (MSG) 方法來取得大量的基因座，檢測此複合群的物種界線並重塑其分化歷史。本研究共定序並使用56隻滑蜥做分析，共取得約兩億條短片段序列，並以pyRAD軟體進行序列的分析。隨後使用了367至4188個基因座進行親緣關係、Structure、DAPC與BFD*之物種界定檢測。結果顯示寧波滑蜥複合群包含了六個獨立的支系，其中三個為未被發表過的隱蔽種。另一方面，使用G-PhoCS進行分化歷史的重建，顯示寧波滑蜥複合群主要在上新世晚期至更新世早期分化，且在分化的過程中大部分的物種都有族群數縮減的趨勢。在基因交流檢測方面，我們檢測到了非姊妹種間歷史的基因滲入，顯示了複雜的基因交流歷史。