學位論文
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Item 白花蝴蝶蘭複合群之親緣地理與物種界定(2024) 黃郁芯; Huang, Yu-Hsin白花蝴蝶蘭複合群 (Phalaenopsis amabilis complex) 包含白花蝴蝶蘭 (P. aphrodite)、南洋白花蝴蝶蘭 (P. amabilis)、桑德蝴蝶蘭 (P. sanderiana) 及數個亞種。目前此複合群的分類觀點僅基於有限的形態特徵、地理分布及少量的分子標記，可能導致其物種界定和演化推論疑義。本研究在其分布範圍內採樣171個樣本，透過雙限制酶切位點標定法 (ddRADseq) 並結合形態學數據重建該複合群的親緣關係。本研究旨在闡明其物種界定並釐清演化歷史。綜合基因組資料和形態分析結果，P. amabilis中包含三個遺傳分群，分化過程中伴隨有限的基因交流，但形態上無法區分，顯示此類群尚處於分化早期。P. aphrodite中沒有明顯的遺傳分群，且P. aphrodite和P. sanderiana在遺傳和形態上皆無法區分別，分化過程中保持持續的基因交流。白花蝴蝶蘭複合群的演化歷史受到多次的播遷和隔離事件影響，其中，過去的氣候震盪導致的植被變化可能為P. amabilis遺傳分化的原因。基於綜合分類學，本研究結果不支持目前對於白花蝴蝶蘭複合群的分類觀點，建議將P. aphrodite和 P. sanderiana視為同一物種，且不再針對P. amabilis和P. aphrodite做進一步的種下位階劃分。Item 喜岩菫菜複合群之親緣關係與分類研究(2008) 余惠如; Hui-Ju Yu喜岩菫菜複合群 (Viola adenothrix complex) 包含兩個在形態上非常相似的類型，即喜岩堇菜 (Viola adenothrix var. adenothrix) 與雪山菫菜 (V. adenothrix var. tsugitakaensis )，兩者皆為台灣特有類群，前者主要分布於中海拔 (1000~2500 m)，而後者主要分布於高海拔(2500~3900 m)。本研究利用形質分析與分子標記探討此複合群的親緣關係與分類問題。 利用87個樣本進行形質分析，共測量19個形態特徵。根據變異數分析(ANOVA)結果顯示在兩類群間有6個特徵 (基瓣寬、萼片寬、花軸長、側瓣鬚毛數、葉厚、葉長/葉寬) 具顯著差異；綜合區別分析(discriminate analysis) 與歸群分析 (cluster analysis) 的結果顯示兩類群在形態上已有區分為二的趨勢，但仍存有不少中間型個體。 分子分析共使用226個樣本，合併葉綠體trnV-trnM與trnG-trnS兩片段進行分析，共獲得21個變異位點，可組成21個單套型。根據AMOVA的結果顯示在喜岩菫菜與雪山菫菜間僅有2.58%的變異(P=0.17)，且兩類群共有單套型佔全部樣本比例達73.45%，顯示兩者分化程度低。推測造成形態與分子資料呈現如此趨勢，可能是此二者為近代分化，現仍處於譜系分化不完全(incomplete lineage sorting)的階段。 Tajima’s D test與mismatch distribution的結果及基因樹呈現星狀結構，推測喜岩菫菜複合群近期經歷了族群擴張。 綜合形質與分子資料分析的結果，本研究支持台灣植物誌第二版（Wang and Huang, 1993）將雪山菫菜視為喜岩菫菜的一個變種之分類處理。Item 臺灣及琉球山月桃複合群的分類研究(2018) 林怡均; Lin, Yi-Jyun山月桃 (Alpinia intermedia Gagn.) 及其相關類群 (A. chinensis Roscoe、A. kelungensis Hayata、A. oblongifolia Hayata及A. suishaensis Hayata) 分布在日本琉球群島、臺灣及中國大陸，為中低海拔常見中型草本植物。此一複合群由於類群間的特徵差異小，以致不同學者對於此複合群的分群迄無共識，有待更深入的研究。本研究針對台灣 (包括蘭嶼) 及琉球分布的山月桃複合群，透過詳盡的文獻考證、野外觀察、變異數分析、Tukey事後比較分析以及主成分分析等形質分析方法，探討此一複合群的分類問題。研究結果顯示，營養器官特徵在此類群中無法提供有效的分群結果，應以生殖構造作為重要判斷特徵。而在生殖構造中，則以雌雄蕊長度、唇瓣的大小以及唇瓣基部是否具短柄等為最重要的鑑別特徵。綜合統計分析及主成分分析的結果皆支持將日本琉球、臺灣與蘭嶼之本複合群植物分為「琉球+蘭嶼」以及「臺灣」兩群，而透過原始文獻及模式標本的考證，確認「琉球+蘭嶼」的物種學名為A. intermedia，「臺灣」的物種學名則應使用A. oblongifolia。Item 尾蜆蝶於臺灣的系統分類問題(2016) 林文傑; Lin, Wen-Jieh依照現行分類處理，蜆蝶科之銀紋尾蜆蝶(Dodona eugenes)有七個亞種，其中兩個亞種分布於臺灣：分別為北部的 ssp. formosana 以及中南部的 ssp. esakii，兩者僅在體型、翅紋以及寄主植物利用有少許不穩定的差異。除臺灣的亞種級的分類問題外，銀紋尾蜆蝶複合群(D. eugenes species complex)亦存在許多分類疑問。本種過去缺乏亞種間及近緣種間的比較，對於兩亞種如何共存於臺灣以及臺灣族群的分類地位皆尚未釐清。本研究以寄主植物利用、生殖器形態及粒線體DNA、核DNA序列等特徵檢視銀紋尾蜆蝶於臺灣的兩亞種是否存在分化，並取樣尾蜆蝶屬12種17個分類群，藉粒線體DNA、核DNA序列建構譜系關係及比較其生殖器形態特徵以釐清本屬各分類群之親緣關係。結果顯示銀紋尾蜆蝶於臺灣的兩亞種在寄主植物利用、生殖器形態及序列特徵皆無差異，ssp. esakii應為ssp. formosana之同物異名。尾蜆蝶屬成員之親緣關係樹與生殖器形態高度一致，銀紋尾蜆蝶呈一多系群，臺灣族群的姊妹群應為大斑尾蜆蝶(D. egeon)。基於粒線體DNA、核DNA序列及生殖器形態等特徵之差異，臺灣的尾蜆蝶應當視為一異於銀紋尾蜆蝶之獨立物種，並應提升為種級階層：Dodona formosana stat. rev.。Item 以形態及分子證據探討玉山蠅子草種複合群的分類問題(2006) 林雅芳; Ya-fang Lin玉山蠅子草種複合群 (Silene morrisonmontana species complex) 包含玉山蠅子草 (Silene morrisonmontana)、禿玉山蠅子草 (S. morrisonmontana var. glabella) 及蓬萊蠅子草 (S. nubigena) 等三個類群，皆為臺灣特有，分布於三千公尺左右的高山地區。本研究以形質分析及分子標記對此一種複合群進行深入研究，形質分析採用12個形態特徵及2個形態比例，對123標本進行形態量化，藉由多變量分析結果推論雪山圈谷之疑問種應歸入蓬萊蠅子草。此種複合群內以植株的被毛程度、萼筒長及雌雄蕊柄長為主要的區分特徵。而分子資料則顯示此種複合群其nrDNA的ITS序列完全一致，兩葉綠體基因片段 (psbA-trnH、rps16) 累積的變異僅10個位點，各類群間基因分化的程度遠少於形態資料所預期，此種複合群應屬形態變異較為快速的物種。因在不同的類群間發現相同的基因型，推論此種複合群應為近年才開始產生基因型分化的物種。