學位論文

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Subject: search.filters.subject.genomic divergence

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    翠柏與台灣肖楠之分歧演化
    (2017) 廖苑孜; Liao, Yuan-Tzu
    肖楠屬是很典型的北美-東亞間斷分布物種，過去研究發現，肖楠 屬植物因為地理隔離，已產生四個種，其中親緣關係相近的物種，翠 柏(Calocedrus macrolepis)及台灣肖楠(C. formosana)已互為單系群。過去由於受限於分子工具，並不了解肖楠屬植物分歧後的遺傳差異，本 研究透過ddRADseq (double digest Restriction Associated DNA sequencing) 檢測台灣肖楠與翠柏族群基因組的分歧。原本使用48 株 個體進行分析，但ddRADseq 需要高品質之DNA，而肖楠屬植物次 級代謝物較多，以些個體無法只用，導致最後使用28 株肖楠屬植物， 分別有19 株台灣肖楠，來自4 個台灣的族群，以及9 株翠柏樣本， 來自大陸雲南。ddRADseq 獲得1,108 個單一核苷酸多型性位點 (single nucleotide polymorphism, SNP)。雖然使用的個體數較少，但由於利用ddRADseq的方法，我們獲得的SNPs仍比其他的分子工具多。 根據structure 及DAPC 檢測後，仍可發現發現台灣肖楠族群間有分 歧，但是相較於翠柏仍不明顯，又分歧的趨勢跟地理位置有關連性， 推測台灣肖楠可能受到地理位置因素出現分歧的趨勢。 關鍵字：台灣肖楠、ddRADseq、基因組分歧
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    台灣油杉族群基因組分歧以及與環境因子關連之在地適應性演化
    (2015) 施凱茗; Shih, Kai-Ming
    台灣油杉(Keteleeria davidiana var. formosana)族群於過去AFLP (amplified fragment length polymorphisms)研究中發現，因為分歧天擇作用而發生在地適應性演化。本研究透過ddRADseq (double digest Restriction Associated DNA sequencing)以檢測天擇作用如何造成台灣油杉族群基因組的分歧。收集台灣油杉五個族群共62株樣本及10株與其同屬的近源種鐵堅油杉(Keteleeria davidiana)。ddRADseq獲得15,094個單一核甘酸多形性(single nucleotide polymorphism, SNP)。BayeScan的結果找到61個FST outliers。LFMM及BayEnv則分別發現288跟221個與溫度、降水、地貌、植被豐富度具關連性的基因座。其中包含57個FST outliers，顯示台灣油杉族群受到與棲地環境差異有關的分歧天擇作用。然而台灣油杉兩兩族群間L形的FST頻率分布圖，顯示大部分基因座的分歧程度低。鐵堅油杉與台灣油杉的FST頻率分布則有右移的趨勢。此外TreeMix及f3 statixtic發現台灣油杉存在由南部往北部族群的基因交流。然而台灣油杉與鐵堅油杉並沒有發現基因交流，加上分歧的時間較長，遺傳漂變可能才是造成兩個近緣物種遺傳分歧的主因。