學位論文
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Item 白花蝴蝶蘭複合群之親緣地理與物種界定(2024) 黃郁芯; Huang, Yu-Hsin白花蝴蝶蘭複合群 (Phalaenopsis amabilis complex) 包含白花蝴蝶蘭 (P. aphrodite)、南洋白花蝴蝶蘭 (P. amabilis)、桑德蝴蝶蘭 (P. sanderiana) 及數個亞種。目前此複合群的分類觀點僅基於有限的形態特徵、地理分布及少量的分子標記，可能導致其物種界定和演化推論疑義。本研究在其分布範圍內採樣171個樣本，透過雙限制酶切位點標定法 (ddRADseq) 並結合形態學數據重建該複合群的親緣關係。本研究旨在闡明其物種界定並釐清演化歷史。綜合基因組資料和形態分析結果，P. amabilis中包含三個遺傳分群，分化過程中伴隨有限的基因交流，但形態上無法區分，顯示此類群尚處於分化早期。P. aphrodite中沒有明顯的遺傳分群，且P. aphrodite和P. sanderiana在遺傳和形態上皆無法區分別，分化過程中保持持續的基因交流。白花蝴蝶蘭複合群的演化歷史受到多次的播遷和隔離事件影響，其中，過去的氣候震盪導致的植被變化可能為P. amabilis遺傳分化的原因。基於綜合分類學，本研究結果不支持目前對於白花蝴蝶蘭複合群的分類觀點，建議將P. aphrodite和 P. sanderiana視為同一物種，且不再針對P. amabilis和P. aphrodite做進一步的種下位階劃分。Item Item 翠柏與台灣肖楠之分歧演化(2017) 廖苑孜; Liao, Yuan-Tzu肖楠屬是很典型的北美-東亞間斷分布物種，過去研究發現，肖楠 屬植物因為地理隔離，已產生四個種，其中親緣關係相近的物種，翠 柏(Calocedrus macrolepis)及台灣肖楠(C. formosana)已互為單系群。過去由於受限於分子工具，並不了解肖楠屬植物分歧後的遺傳差異，本 研究透過ddRADseq (double digest Restriction Associated DNA sequencing) 檢測台灣肖楠與翠柏族群基因組的分歧。原本使用48 株 個體進行分析，但ddRADseq 需要高品質之DNA，而肖楠屬植物次 級代謝物較多，以些個體無法只用，導致最後使用28 株肖楠屬植物， 分別有19 株台灣肖楠，來自4 個台灣的族群，以及9 株翠柏樣本， 來自大陸雲南。ddRADseq 獲得1,108 個單一核苷酸多型性位點 (single nucleotide polymorphism, SNP)。雖然使用的個體數較少，但由於利用ddRADseq的方法，我們獲得的SNPs仍比其他的分子工具多。 根據structure 及DAPC 檢測後，仍可發現發現台灣肖楠族群間有分 歧，但是相較於翠柏仍不明顯，又分歧的趨勢跟地理位置有關連性， 推測台灣肖楠可能受到地理位置因素出現分歧的趨勢。 關鍵字：台灣肖楠、ddRADseq、基因組分歧