學位論文
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Item 台灣油杉族群基因組分歧以及與環境因子關連之在地適應性演化(2015) 施凱茗; Shih, Kai-Ming台灣油杉(Keteleeria davidiana var. formosana)族群於過去AFLP (amplified fragment length polymorphisms)研究中發現，因為分歧天擇作用而發生在地適應性演化。本研究透過ddRADseq (double digest Restriction Associated DNA sequencing)以檢測天擇作用如何造成台灣油杉族群基因組的分歧。收集台灣油杉五個族群共62株樣本及10株與其同屬的近源種鐵堅油杉(Keteleeria davidiana)。ddRADseq獲得15,094個單一核甘酸多形性(single nucleotide polymorphism, SNP)。BayeScan的結果找到61個FST outliers。LFMM及BayEnv則分別發現288跟221個與溫度、降水、地貌、植被豐富度具關連性的基因座。其中包含57個FST outliers，顯示台灣油杉族群受到與棲地環境差異有關的分歧天擇作用。然而台灣油杉兩兩族群間L形的FST頻率分布圖，顯示大部分基因座的分歧程度低。鐵堅油杉與台灣油杉的FST頻率分布則有右移的趨勢。此外TreeMix及f3 statixtic發現台灣油杉存在由南部往北部族群的基因交流。然而台灣油杉與鐵堅油杉並沒有發現基因交流，加上分歧的時間較長，遺傳漂變可能才是造成兩個近緣物種遺傳分歧的主因。