水通道蛋白質的結構預測與動力學模擬

Abstract

摘 要

我們建立了一個簡要的模型並利用三維非晶格的Metropolis蒙地卡羅法來預測AQP0水通道膜蛋白質在穿膜部份的8根α－helix的自然狀態結構，並分析其相關的熱力學性質，接著以蒙地卡羅模擬所獲得之初步結果為基礎，加上膜外和膜內所有連接穿膜部份各α－helix的環狀分子鏈，並考慮每個胺基酸殘基上的所有原子，來進行分子動力學模擬，最後得到之AQP0穿膜部份8根α－helix的結構與X-ray繞射得到之結構比較的方均根差（RMSD）為4.056。