Browsing by Author "Tsai, Cheng-En"

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    隱密種物種形成的基因組分析：灰胸竹雞(Bambusicola thoracica)的種化基因組學
    (2024) 蔡承恩; Tsai, Cheng-En
    物種的界定，是生物學界中最基本的議題之一。隨著遺傳分析技術的進步，我們可以容易地取得非模式生物的完整基因組序列，進而結合形態、生態棲位等資訊，以綜合性的方法找到過去未被辨識的物種，以正確評估生物多樣性。遺傳數據顯示動物界中許多生物擁有形態上難以辨識，但族群間經歷獨立演化的歷史，應被視為獨立的物種，這些物種可稱為隱密種(cryptic species)。隱密種在寄生蟲、線蟲類及節肢動物最具有代表性，也常見有脊椎動物的案例，但其形成機制仍然罕為深入探究。在此，我透過灰胸竹雞了解隱密種種化過程及可能機制，並找出物種形成(speciation)的候選基因(candidate genes)。過去發現在單型種的灰胸竹雞有分屬兩個不同演化支系的地理族群：以四川陝西為主的西部族群，以及由貴州、湖南和湖北以東的中東部族群。本研究使用全基因組重定序序列，得到灰胸竹雞西部族群、中東部族群以及作為外群的台灣竹雞完整族群基因組數據。分析結果顯示，西部族群與中東部族群已經分化40萬年之久，並且期間沒有基因流。以模型檢測在中東部族群與西部族群之間的物種界定，也顯示灰胸竹雞的東西部族群該分為兩個物種。而在兩個潛在隱密種之間基因組高度分化區域內，共找到19個粒線體功能相關基因，5個與聲音感知或鳴唱學習有關的基因，5個與營養代謝及生長相關的基因，2個與性腺發育及精子生成有關的基因以及2個和羽色有關的基因。除此之外，在性染色體(Z)上兩處長度大約2 Mb大片段區域顯著的高度分化，暗示性染色體在灰胸竹雞種化的重要性。本研究第一次描述雞型目中的隱密種，填補了對於生物多樣性描述上缺失的一塊，並且有助於對隱密種種化機制與過程的了解。