Browsing by Author "Chou, Che-Yu"

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    探索從頭設計IAPP結合性多肽之可行性
    (2025) 周哲宇; Chou, Che-Yu
    蛋白質摺疊的過程在分子動力學中由於化學鍵震動的時間尺度與蛋白質之間結合的時間尺度差異巨大，因此要在有限時間內計算蛋白質尺度的抑制劑仍然不是一件容易的事，因此我們想要設計一套可以在個人電腦上計算並且有系統性的可以在適當的時間內快速搜尋蛋白質尺度抑制劑的方法。我們使用AlphaFold 3來建立蛋白質的初始模型，用來省去計算蛋白質複合物所需的龐大時間，這個建立模型的過程在網頁上可以在幾分鐘之內完成，用來完成初步的結構，並通過分子動力學計算AlphaFold 3所缺少的動力學數據，因為AlphaFold 3輸出結構是晶體結構，我們可以預期在適當的處理下，可以不需要過長的分子動力學流程，在將預測的蛋白質序列與動力學數據結合並且輸入適合的演算法中，用來製作下一次推演時AlphaFold 3模擬使用的序列。我們使用AlphaFold 3生成結構的優勢來補足分子動力學在結構探索上的缺點，再使用分子動力學的優勢來補足AlphaFold 3無法計算動力學數據的不足，我們主要處理的問題是因為多肽序列的每一個位置都有二十種可能的氨基酸，越長的序列會造成多肽的組合種類是一個天文數字，因此我們嘗試使用演算法將這個天文數字的組合中找到一個局部最佳解甚至是全域最佳解，將設計蛋白質等級的結合物從遙不可及變得可以嘗試。