Browsing by Author "Chiu Ying-lin"

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    秋水仙鹼類似化合物與微管蛋白複合體之分子動力學模擬：結合能計算
    (2008) 邱映霖; Chiu Ying-lin
    已知秋水仙鹼(colchicines)會與微管蛋白(tubulin)結合而干擾微管蛋白聚合之動力學，同時已有實驗證實此效應具有對抗癌症的效果。我們有興趣在於設計此類作用於秋水仙鹼結合位置(colchicine binding site)更好的藥物分子，在本篇研究中，我們利用全原子(all-atom)的分子動力學模擬方法，針對一些作用在微管蛋白其秋水仙鹼結合位置上的藥物分子研究，同時以MM-PBSA / MM-GBSA方法計算結合能。總共計算秋水仙鹼分子及其13個類似分子，部分分子之能量與已知實驗的抑制活性數值IC50值具有好的相關性。根據首先計算十個化合物的計算結果，我們更進一步設計三個新的藥物分子，此三個新設計分子皆較其他分子有更穩定之結合能。我們分析及討論幾個影響結合能計算之因素，包括: 修改化合物官能基的影響、蛋白質結合位置附近的胺基酸個別對總結合能的貢獻，以及分子間作用力的分析與討論，得到幾個修改官能基的建議包括: (1)官能基R4的位置置換為OH基，此OH基會與胺基酸α179THR產生穩定氫鍵，穩定化合物與微管蛋白的結合。(2)官能基R5的位置修改成具有苯環的酮類官能基，其官能基置換可與胺基酸β352LYS產生氫鍵，同時增加與胺基酸β248LEU之間的凡得瓦作用能，以及促進與β251ASP/β252ASP形成氫鍵。這些結果以及其他分析將有助於未來設計更好的藥物分子。