Browsing by Author "Chen, Chi-Ming"
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Item Biomimicry of Human Pattern Recognition by Puzzle Solving Simulation(2023) Syifa Fauzia; Fauzia, SyifanoneItem Item TOG蛋白質超家族的演化與摺疊(2016) 麥德倫; Mai, Te-Lun蛋白質摺疊密碼，也是遺傳訊息密碼傳遞的第二部分，為分子生物學的重要研究課題之一。自從Christian Anfinsen提出了蛋白質能自發性折疊的實驗後，科學家們已研究這個問題超過數十年。其中，膜蛋白作為與各種生命現象相關之一類特殊蛋白質、且目前超過一半的藥物分子皆以其作為標靶，其摺疊過程於近十年特別受到注目。在膜蛋白之中，又以G protein-coupled receptors特別受到重視。這類蛋白質在各種感官現象如視覺、嗅覺、味覺都扮演著重要的角色，其中與視覺相關的膜蛋白尤其吸引我們，像是與色彩辨識相關的Cone Opsins及與夜間視覺相關的Rod Opsins。為了解這些蛋白質及其序列-結構-功能之間的關係，我們選擇了TOG(Transporter-Opsin-G protein-coupled receptor)蛋白質超家族來做為我們電腦模擬研究的目標。我們的研究主要分為三個方面：一、蛋白質相似度網路的分析。我們使用一個分群算法來分析蛋白質之間的關係。這個方法可以用來區別各個蛋白質家族間差異以及預測新定序列的功能。並且，藉由此算法所建立的網路結構，我們可以從中研究蛋白質之間可能的演化關係。二、膜蛋白的二級結構螺旋及其上扭角的預測。我們使用了胺基酸的親疏水指數來預測可能屬於穿膜螺旋與半穿膜螺旋的序列片段，以及使用結合分子動力學與摺疊識別演算法的方法來研究穿膜螺旋的結構特徵。三、與Rod Opsins相關的Microbial rhodopsins的折疊研究。我們建立了一個基於胺基酸物理性質的粗粒化模型來了解這些物理交互作用在蛋白質的折疊中扮演怎麼樣的角色，並使用平行回火的蒙地卡羅方法來尋找能量最小的結構。Item 遠讀<魔戒>及其人物網絡的統計分析(2022) 黃南軒; Huang, Nan-Hsuan遠讀是一種用於文學研究的計算方法，是利用自動化的演算法去擷取並分析文學作品中的資訊，本研究開發出一種利用分群演算法、可視化方法、以及語言分析的工具去遠讀一本小說的處理方法，來獲得小說的情節與角色間的相互關係，以本研究為例，小說<魔戒>中的角色網絡就是利用此方法來處理的，小說人物的資訊是利用一種叫做專有名詞辨識的方法擷取出來的，接著利用一種叫做最小展開聚類的演算法去分析確切的角色網絡，並建構出社群的網絡結構。 接著進行統計分析調查角色的作用還有信息流，整體角色網絡結構的可視化是利用一個叫做Gephi的軟體，藉由網絡的可視化更進一步展示出角色之間的關係，而主要角色的個性特徵則是利用一個叫做語文探索與字詞計算的分析工具去分析角色的對話內容，此外，為了瞭解小說的發展，上述的聚類與統計分析是和故事線一併進行的，最後，本研究利用了語文探索與字詞計算的工具去調查了小說的情感基調隨著小說隨故事線的演進。