Browsing by Author "魏忠誠"

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    具多帶電殘基胜鏈折疊之分子動力學模擬
    (2005) 魏忠誠
    摘要 　　芋螺毒素Conantokin-T（Con-T）是一條由21個胺基酸所組成的短螺旋胜鏈，含有5個螺旋轉折，並含有10個帶電胺基酸，而本研究利用分子動力學模擬，已檢視此胜鏈之折疊路徑與預測其折疊時間。於300 K下，18條軌跡中，有16條折疊至折疊態，且顯示平均折疊時間約為50 ns。其他2條軌跡在200 ns內未折疊至折疊態。軌跡分析結果顯示，在折疊一開始的幾奈秒，Tyr5，Met8，與Leu9的疏水叢聚（hydrophobic cluster）可協助殘基5–9先行形成螺旋，又因N、C端的帶電殘基所造成的電荷–電荷作用力，使得胜鏈產生U型的中間態。經過10 ns，打破數個非活性電荷–電荷作用力之後，主要出現在此一步驟的非活性作用力為Gla10–Lys18（這代表Gla10與Lys18間的鹽橋）與／或Gla10–Lys19，使得胜鏈產生J型的中間態。在16條折疊成功軌跡中，有7條經過約15 ns可折疊至折疊態；而其他9條經過約30 ns會到達另一個L型中間態，其含有4個螺旋轉折與1個Arg13、Gla14處的扭結。此L型中間態約需要額外的15 ns以折疊至折疊態。此外，上述的前7條軌跡其折疊時間皆小於45 ns，而後9條之折疊時間則皆大於45 ns，造成約50 ns的平均折疊時間。在2條未折疊成功的軌跡中，其主要中間態分別是由5與6個帶電殘基所形成的電荷叢聚（charge cluster）所穩定。我們所預測的折疊時間約50 ns，比相同長度之alanine-based胜鏈的折疊時間82 ns為短，顯示這種含有許多帶電殘基的折疊能障比alanine-based胜鏈稍小。