Browsing by Author "蔡丞坤"

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    以核磁共振法探討陰道滴蟲Myb2蛋白質和去氧核酸的結合機制
    (2009) 蔡丞坤; Tsai, Cheng-Kun
    源於陰道滴蟲的Myb2蛋白質被發現會與特定的MRE2r與MRE2f去氧核酸序列結合,此二序列同時與鐵離子的活性誘導和ap65-1基因轉錄有關.剪裁縮短後的Myb2蛋白質氨基酸長度40-156 (Myb2x)仍保持著與去氧核酸相似的結合能力.利用核磁共振法計算在水溶液中Myb2x蛋白質結構和與MRE2f去氧核酸結合後的複合物結構.結果顯示Myb2x蛋白質在兩者結構中均含三個α螺旋的R2區域和三個α螺旋的R3區域. Myb2x蛋白質裡的第三α螺旋和linker比起與MRE2f去氧核酸結合後的結構,顯得相當鬆散沒有結構性.Myb2x蛋白質與MRE2f去氧核酸結合後的氨基酸骨架變得更受拘束不能自由擺動.結果也顯示兩者MRE2r與MRE2f去氧核酸結合在Myb2x蛋白質上相同的位置,Myb2x蛋白質會與MRE2r或MRE2f去氧核酸分別形成一比一比例結合的複合物.另外,也顯示鐵離子並不會影響Myb2x蛋白質,Myb2xMRE2r蛋白質去氧核酸複合物,和Myb2xMRE2f蛋白質去氧核酸複合物三者的整體結構.也不會影響Myb2x蛋白質與MRE2r或MRE2f去氧核酸結合形成Myb2xMRE2r或Myb2xMRE2f蛋白質去氧核酸兩種複合物. MRE2f去氧核酸與Myb2x蛋白質結合後, ATAC鹼基的化學位移發生明顯變化.根據二維及三維的NOESY實驗及蛋白質側鏈的化學位移擾動變化分析,顯示MRE2f去氧核酸結合至Myb2x蛋白質的位置是分布在蛋白質的N端,R2區域的第三α螺旋,及R3區域的第三α螺旋位置.更甚者,蛋白質的N端是直接接觸去氧核酸的.在蛋白質與去氧核酸之間的NOE訊號由於缺少完整的定義,而至不能獲得精確Myb2x蛋白質與MRE2f去氧核酸結合的複合物結構.然而,卻可以利用B形式的去氧核酸結構,模擬與Myb2x蛋白質的複合物.