Browsing by Author "劉昀昇"

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    利用化學標定與質譜技術分析經由人類乳突病毒 E7 轉染癌細胞之第一型 MHC 胜肽
    (2014) 劉昀昇; Yun-Sheng Liu
    第一型主要組織相容性複合體(major histocompatibility complex class I, MHC class I)呈現在所有的細胞表面，功能為提供來自外來病原或腫瘤相關的胜肽片段作為抗原，使免疫系統進行辨識。實驗使用同重元素相對和絕對定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation, iTRAQ)的標定策略及質譜技術分析，經檸檬酸脫附後的人類乳突病毒(human papillomavirus, HPV) 轉染癌細胞之腫瘤相關抗原性胜肽。為了降低樣品複雜度並提高鑑定的動態範圍，使用奈米級液相層析質譜儀分析前會經由強陽離子交換層析(strong cationic exchange chromatography, SCX)、親水性交互作用層析(hydrophilic interaction chromatography, HILIC)及等電聚焦分級分離(solution isoelectric focusing, sIEF)對iTRAQ標定胜肽分離。數據分析上，首先以Swiss-Prot資料庫來確認，經質譜分析後的胜肽序列及其可信程度，再進一步使用MHC胜肽鍵結預測分析系統SYFPEITHI與immune epitope database (IEDB) 去預測胜肽與MHC class I分子間的鍵結親和性，最後以protein abundance across organisms (PaxDb) 與multi-omics profiling expression database (MOPED) 找尋MHC class I胜肽其來源蛋白質在各器官或疾病的表現量。癌細胞經由檸檬酸脫附後所得的樣品，以質譜鑑定並使用MHC胜肽鍵結預測分析系統，得到115段與MHC class I具有相關性的胜肽，並依據MHC的HLA*02:01型態篩選後得到78段胜肽，而其中FAG-、YVA-與YIP-此三段胜肽經由分析，確認會與MHC class I具有鍵結。本實驗提供ㄧ套以質譜分析為基礎的平台，去找尋MHC class I相關的胜肽，且T細胞若能對找尋到的MHC class I胜肽進行辨識並產生免疫反應，此胜肽對於腫瘤疫苗的發展將有極大的助益。